Как правильно написать? Are you fly? или Do you fly? Если используется are, то почему?

Do you fly? - вы (вообще) летаете? (не боитесь? )
Are you flying? - вы (в настоящий момент) летите? (вы в полёте? )
Are you a fly? - вы (ты) - муха?

Два разных настоящих глагольных времени: Present Continious (are you flying?) и Present Indefinite/Simple (do you fly?).

1.
Глагольные времена группы Continious (Past, Present, Future) состоят из двух "кирпичиков": глагол-связка BE в нужном времени + причастие с окончанием -ING

ARE you FLYING?
You ARE FLYING.

2.
Времена группы Indefinite (в отличие от времен группы Continious) не нуждаются в глаголе-связке BE. Они представляют собой просто глагол в личной форме (согласован с подлежащим) :

I FLY.
HE FLIES.

Но времена группы Indefinite нуждаются в вспомогательном глаголе DO для образования вопросов и отрицательных предложений.

DO you FLY?
You DO NOT FLY.

труженик правильно ответил

Do you fly? - Вы летаете (вообще) ? Точно также как Do you speak English? Время настоящее простое. Present Indefinite (Simple) Tense.

Are you flying now? Вы летаете сейчас (в данный момент) ? Время настоящее продолженное. Present Continuouse Tense.

Рекомендую http://forum.study.ru/

первый вопрос можно перевести как "ты муха? ", если нужно спросить о полёте то правильней будет второй вариант.

are - если хочешь показать, что действие происходит в данный момент! !
do- если показывает действие.. регулярное)

Второй вариант