когда и при каких обстоятельствах буква "хер" стала ругательством?

Согласна с Андреем.
" "похерить" - значит перечеркнуть крест на крест, а "хер" - значит КРЕСТ! Мы же привыкли считать, что слово "хер" в русском языке использовалось и используется (на ряду со "словом из трёх букв") для обозначения мужского полового органа. Но в этом не всегда было противоречие: в христианском философском символизме крест, на котором распяли Христа, рассматривался не как орудие позорной казни, а как триумф жизни над смертью. Таким образом, слово "хер", как и "другое слово из трёх букв", первоначально использовались на Руси для обозначения слова "крест". Ещё следует отметить, что буква "х" изображалось в древнерусском языке в виде двух пересечённых линий совсем не случайно - Христос, христианство, христиане, храм, хер (крест) . Есть мнение, что знаменитый оборот: "Пошли вы все на х…! " придумали защитники славянского язычества, они кричали эту фразу, ругаясь на христиан, пришедших насаждать свою веру. "Идите вы на хер! " или "Идите вы на х…! " - первоначально обозначало проклятие: "пусть вас распнут, как и вашего Бога! " (дословно: "Ступайте на крест! "). Затем религиозное значение этих слов было утрачено, поскольку с победой православия на Руси термин "крест" перестал иметь для народа пошлое, негативное значение.

По-моему, ясно: чтобы не произносить известное ругательство, ограничивались одной буквой, то есть, "хер". Когда это слово исчезло из азбуки - стало восприниматься как синоним.

Хер - название кирилической буквы X. Первоначально "похерить" или "возложить херъ" означало грубо перечекнуть чей-то текст крест-на-крест. А дальше слово перекочевало в разряд бранных, в значении высказвать грубое неуважение.

Аналогичная история произошла с так часто употребляемым в наши дни словом "блин")