Почему это прдложение в Perfect? What would you have done five years ago?

сказуемое здесь -- would have done, это не просто perfect, а модальный глагол would. вот что говорится в синем Мёрфи по этому поводу: We use 'would have (done)' when we imagine situations or actions in the past (= things that didn't happen):
E.g.: They helped us a lot. I don't know what we would have done wihout their help.

Мы используем 'would have (done)', когда представляем ситуацию или действие в прошлом (те вещи, которые не произошли на самом деле) . Пример: Они нам очень помогли. Не знаю, что бы мы без них делали.

т. е. , как вам уже сказали, это сослагательное наклонение (используется частица "бы")

ваше предложение: "А ты бы что сделал пять лет назад? "

Здесь нет времен. Это сослагательное наклонение. В нем возможно только реальное и нереальное условие, а время относительно. Нереальное условие, относящееся к прошлому, выражается при помощи перфектного инфинитива.
Perfect - это не время, это вид. Время - это Past, Present, Future. Видо-временная форма НАЧИНАЕТСЯ со вспомогательного глагола to have, а вы ее выуживаете из середины. Здесь форма would+ Perfect Infinitive, который, как и все перфектные формы, образуется по формуле have + причастие 2.

Если вы еще не изучали Conditionals, то понять это будет трудно.

А где вы взяли это предложение?

Это 3-й тип условных предложений (главная часть) , которые используются, когда условие относится к прошлому. Здесь подразумеваемое придаточное условия - "если бы был в подобной ситуации" или подобное.
Содержит перфектную форму, но к Present Perfect отношения не имеет.
Есть еще сочетания модальных глаголов с перфектными формами.

Present Perfect не используется с указанием отрезка времени, который уже завершился, тем более 5 лет назад.. . Правильно: What would you do 5 years ago?