Как правильно будет в английском предложение

Если для обычной речи, то только первый вариант:
1) I thought you spoke English.
Варианты с настоящим временем могут быть только в том случае, если речь идет о постоянных действиях или явлениях, например, физических.
I thought the Earth revolves around the sun
То есть если речь идет об универсальных процессах.
А со speak English это трудно представить.
По согласованию времен, если первый глагол идет в прошедшей форме, второй, обозначающий связанное с первым действие, тоже должен быть в прошедшей - в одной из прошедших, от Past Perfect до Future in the Past (со всеми аспектами-временными формами) - особенно в косвенной речи.
Ну вот тут можно почитать про согласование времен
http://www.alleng.ru/mybook/3gram/6verb_24.htm
Как раз про случаи с that (или пропущенным that) ;)))

английский - очень неоднозначный язык
оба эти варианта имеют смысл, но подоплёка разная
эти нюансы есть в грамматиках, начиная с уровня Upper-Intermediate
Обычное употребление spoke - предположения не оправдались

1 вариант
может использоваться в случае когда: ваш знакомый общался с кем то например на русском хотя знает и английский.
И обсуждая это вы говорите - Я думал что вы говорили по английски. То есть получится "Я думал вы общаетесь на английском. " (подразумевая их обоих) время прошедшее.
Или например вернувшись из командировки по USA подходя к дому вы слышите за углом бормотание вроде как по английски.
Затем видите что там соседский Колька с подругой которые отродясь и русский то плохо знают.
I thought you spoke English. - бормочите вы автоматически понимая что обознались.
2 вариант
Я думал, что вы говорите по-английски. То есть вы думали что он владеет английским языком а оказалось что нет. Больше относится к разговорам с самим с собой. Потому что если вы скажете человеку который не знает английского
I thought you speak English он все равно вас не поймет :)
Вобще как кто то заметил зависит от контекста.
Например вы разговаривайте с ирландцем. Он вас понимает а вы его нет из за ирландского акцента. I thought you speak English. - в сердцах говорите ему давая понять что так дело не пойдет :) То есть это сарказм.
Например чувак подкатывает к девушке и начинаете грязно приставать на английском языке. Вдруг оказыватся что она из Канады несмотря на то что едет в троллейбусе в Нижнем Тагиле - почему вы выбрали меня? Восклицает удивленная дама.
I thought you speak English. - улыбаясь гнилыми зубами отвечает гопник понимая что угадал :)
То есть эта фраза может описывать противоположные ситуации. Как впрочем и подобная на русском языке.

второй вариант не верен поскольку должно произойти согласование времен

второй, мне кажется

Второй ответ верный.

В зависимости от временного контекста либо вариант 2, либо you`re speaking, либо you have been speak. Короче, нужно все предложение полностью. А если просто короткий вариант - то 2 однозначно.