Правильно ли я сложил два предложения?

ПРАВИЛЬНЫЙ И ОСМЫСЛЕННЫЙ ВАРИАНТ.
At school we HAVE different classes, such as biology, mathematics, history, literature. After the lessons are over, at 2 o'clock all the pupils have lunch in dining-hall .

В первом предложении лучше использовать have. At school we have ...
Subjects, если имеются в виду предметы, или classes, если имеются в виду уроки. Потому что из этих двух предложений не видно, что они как-то связаны между собой - описываете вы вообще, что у вас в школе преподают, или распорядок школьного дня. Но have подойдет в любом случае.
Study biology, mathematics можно сказать прямо так, без посредников в виде других слов, с которыми непонятно, что делать.

(Then) at 2 o'clock all the pupils have lunch inTHE dining-hall. Или school canteen/cafeteria. Место обстоятельства в конце или в начале, лучше их разнести.

At school we study different lessons, such as biology, mathematics, history, literature. Then, at 2 o'clock all the pupils have lunch in the dining-hall .

По-моему так лучше. Но, наверняка, можно и получше сказать.

to learn - ближе к учить (например, уроки) ;
to study - изучать.

Артикль перед "столовая".
Есть выражения без артикля (to go to school, to go home, to be at home...), но "in a dining-room", скорее всего к ним не относится.
Определённый артикль я поставила, предполагая, что в этой школе только одна столовка.

Ну, а порядок слов.. . логически рассуждая, они have dinner in it.
Обстоятельство времени, затем - обстоятельство места.. . Какое-то нагромождение обстоятельств получается. Возможно, есть какое-то правило на эту тему, но я его не знаю. Пишу, как чувствую. Может быть, и неправильно. :-)

At school we learn different lessons such as biology, mathematics, history, literature. All pupils have a lunch in dining-hall at 2 o'clock.
Порядок слов нужно соблюдать...