почему тюрьму называют местами не столь отдаленными?

потому что тюрма с СИЗО начинается по месту совершения пр. или ареста а уж потом по этапно в тюрму но уже по дальше

Не только. В царской России были "места отдаленные" -- это Сибирь, и были "места не столь отдаленные" -- это до Урала.

Почему-то теперь чаще всего говорят "места не столь отдаленные", говоря о тюрьмах.

Ну тюрьмы-то везде есть, обычно далеко не ездят, чтоб отдохнуть.. .
Я сидел в 100 километрах от дома, а один мужик у нас, вообще, свой дом видел, из окон..

1.
Места не столь отдаленные

Выражение из российского законодательства до 1917 г. , в котором это выражение фигурировало в качестве официального термина. По закону, ссылка в Сибирь была двух видов, что соответствовало более тяжелому и менее тяжелому виду наказания: первое заключалось в направление преступника «в отдаленные места Сибири» , второе — «в не столь отдаленные места Сибири» .
Эта формулировка прочно вошла в русский язык второй половины XIX века. Позже эти слова стали употребляться как бы по инерции — применительно уже не к ссылке, а к тюремному заключению.
Иронически: о тюрьме, исправительном учреждении, поселении где-либо по приговору суда и т. д. Иногда употребляется в переносном смысле, применительно к поездке куда-либо.

Энциклопедический словарь крылатых слов и выражений. — М. : «Локид-Пресс» . Вадим Серов. 2003.

2.
Переполнение Сибири ссыльными (к 1900 - 298 577 чел. , из них половина административно ссыльных) беспокоило пр-во, а улучшение путей сообщения (начало постройки Сибирской ж. д. , пароходное сообщение) создавало больше возможностей для побегов. Закон 1900 отменил ссылку на житье и ограничил ссылку на поселение для уголовных ссыльных и совершенно не коснулся политич. ссылки. К нач. 20 в. были только несколько ограничены местности сиб. ссылки (Уложение о наказаниях 1885 именовало ее "ссылкой в места отдаленные", в отличие от ссылки "в места не столь отдаленные" европ. губерний России) .

Ссылка политическая
Советская историческая энциклопедия. — М. : Советская энциклопедия . Под ред. Е. М. Жукова. 1973—1982.

3.
Пример употребления выражения "места отдаленные" в дореволюционной России:
Дубенскаго онъ сразу опредѣлилъ: съ большимъ гоноромъ, идей самыхъ передовыхъ, — можетъ, уже и побылъ гдѣ-нибудь въ мѣстахъ отдаленныхъ.
Боборыкинъ. Василій Теркинъ. 1, 26.

Русская мысль и речь. Свое и чужое. Опыт русской фразеологии. Сборник образных слов и иносказаний. Т. Т. 1—2. Ходячие и меткие слова. Сборник русских и иностранных цитат, пословиц, поговорок, пословичных выражений и отдельных слов. СПб. , тип. Ак. наук. . М. И. Михельсон. 1896—1912.

История Российской Империи

Это пережитки прошлого. Я считаю грамотней называть "места лишения свободы".