Что обозначает окончание "ск" в названии российских городов?

Непростой вопрос! Для того, чтобы объяснить это, необходима историческая справка.

В древности названия многих русских городов состояли из двух слов. Например, древнее название Архангельска -- Архангельскiй городъ. Это название использовалось с конца 16 -- начала 17 в. До этого тоже существовали такие названия, состоящие из прилагательного и существительного, обозначавшего родовое понятие. При этом, прилагательное в них было краткой формы. Примером является название Новгород: Новъ городъ (где новъ -- краткая форма прилагательного "новый"). В случае Новгорода обе части названия слились, образовав единое целое. А вот в случае других названий, существительное, обозначающее родовое понятие, часто опускалось. А прилагательное, содержащее суффикс -ск-, оставалось. При чем оно было в "краткой форме" (в древнерусском языке краткие формы прилагательных воспринимались как обычные, а окончания полных форм выполняли функцию определенного артикля; в современном русском языке это смысловое различие утрачено).

В современном русском языке уже иные правила. По традиции добавление суффикса -ск- к существительному или прилагательному является продуктивным способом образования названий городов. При этом формы на -ск- уже не осознаются как прилагательное. Например: Красн[ые] гор[ы] + ск -> Красногорск; Север[ная] Двин[а] + ск -> Северодвинск.
А иногда берут прилагательное или даже фамилию, уже содержащую суффикс -ск-, и отбрасывают окончание: уральский -> Уральск; Дзержинск[ий] -> Дзержинск.

Субстантивированное краткое прилагательное на -ск. Братский - краткая форма *братск - название города Братск.

Название городов с «СК» — означает Скит
СК – это древлесловенское сокращение слова «Скит», т. е. поселение с Капищем или Святилищем. «СК», как правило, ставилось в средине или конце названия местности, где располагалось поселение, или после имени основателя поселения, допустим: Словенск (ныне Великий Новгород) – поселение основанное князем Словеном.

Примеры:
Ангарск – скит на Ангаре.
Волжск – скит на Волге.
Енисейск – скит на Енисее.
Камск – скит на Каме.
Омск – скит на Оми.
Томск – скит на Томи