"She will fly" и "She will be flying" какая разница?

У хилера и белены ответы неверные. Future Continuous совсем необязательно обозначает действие, протекающее в определённый момент в будущем. Гораздо чаще в современном языке оно обозначает действие, которое судя по всему / скорее всего / всё идёт к тому, что / по всей вероятности / будет происходить в будущем, то есть имеет некоторый модальный оттенок. Пример:
My 20 year old son got a job. He will be flying every 2 months. Should I be worried?
Мой 20-летний сын нашёл работу. Он будет летать каждые два месяца. Надо ли мне беспокоиться?

Как видим, здесь вовсе не имеется в виду действие, протекающее в определённый момент в будущем.

И такое употребление Future Continuous встречается в современном языке гораздо чаще.

will fly относится к будущему в широком смысле, обозначает факт действия в будущем; will be flying - процесс действия в будущем. Там должны быть уточнения, обстоятельства времени: в это время завтра, с 5 до 7 в будущую среду и т. п.

Я думаю She will be flying крайне редкая форма.
Обычно уместнее употребить She is flying tomorrow.
А приведённая Вами конструкция встречается разве что в таком виде:
She will be already flying when I will start.

проще говоря, she will fly - она полетит, she will be flying - она будет летать, she is going to fly - она собирается полететь, she is flying (tomorrow) - она точно полетит (завтра).