Когда в настоящем времени в вопросах ставить ARE а когда DO/DOES ?

Плохо Вам объяснили. Или Вы не всё запомнили.
В любом полном предложении (из которого ничего не выкинули) есть глагол (сказуемое) . Is, are -- это тоже глагол.

Начинать нужно с того, что посмотреть, КАКОЙ ИМЕННО глагол, а точнее, сказуемое, в предложении.
Если речь о времени Present Indefinite (настоящее неопределенное) , может быть три случая:
1) форма глагола be: is, are
2) форма модальных глаголов can, shall, should, must, may и глагол has/have (в выражении have got "иметь").
3) все остальные глаголы

В случаях 1) и 2) в начале вопроса будет стоять то сказуемое, которое было в утвердительном предложении. В случае 3) вопрос будет начинаться с does/do.

He is a student. Is he a student?
He can speak English. Can he speak English?
He lives in Moscow. Does he live in Moscow?

Do(does)-вспомогательный глагол-всегда ставится в предложениях (Present Simple) как усилитель "слабых глаголов" (это все глаголы, кроме модальных, глагол ); модальные глаголы и глагол "to be" относится к "сильным" глаголам-эти глаголы не надо "усиливать"!!!
"To be"-I am, He is. She is, You are,We are? They are;
I am a man, You are a woman, Are you a man or a woman?

I like to sing. Do you like to sing? Does he like to read books?

Don't you understand elementary things? You are a fool.

Тебе правила перекопировать с сайтов?

Речь, как понимаю, о презент симпл.

"Остальные" - когда глаголом является "to be" (в русском просто опускемый) , принимающий форму am/are/is.

Is she cute? - Она милая? (Она являеться милой? Глагол - быть, являться)

Does she listen to music a lot? - Она часто слушает музыку?

Am/are/is Это глагол "быть" Используется, когда кто-то кем-то является.
I am a student. Are you a student?
She is beautiful. Is she beautiful?
They are clever. Are they clever.
Do/does Используется, когда речь идет о действии. Это вспомогательный глагол, он не переводится. Но даже если сломать систему и перевести его- перевод "делать", становится ясно, что употребляя его мы говорим о действии.
Do you drink coffee every day?
Does she clean her teeth twice a day?