Ошибка в грамматике голливудском фильме Аватар?

Вы почитайте, почитайте ссылку Даниила про темо-рематические отношения. Все вам пытаются на пальцах объяснить именно это. Тогда и разговор будет не уровне школьного учебника, который не исчерпывает случаи применения артиклей.
Tommy is a teacher - артикль вводит новое в сообщении, рему. Томми - учитель.
The scientist was Tommy - Ученый (из нас) - Томми. Новое в сообщении - Томми. Определенный артикль - маркер данного, темы.

Вообще, когда вы сталкиваетесь в речи носителей с чем-то непонятным, лучше исходить из того, что это вы чего-то не знаете, а не они.

Имеется ввиду что "ТЕМ учёным (о котором идёт речь) был Томми".

Мы по-русски тоже не всегда правильно говорим, иногда намеренно коверкая слова, и их сочетания.

Можно преобразовать "Учёный - Томми, а не я" -
То есть разделение по профессиям налицо. . .Вот этот учёный (на картинке) и есть Томми, но (этот учёный ) не я. The scientist was (is)Tommy, not me. Что "Tommy", что "me" - уже предикаты, а не подлежащие...

А здесь другой случай. Сообщается, кто именно был тем самым ученым.

"(Тем) ученым был Томми, а не я. "

Каким именно "тем", должно быть ясно из контекста. Или же это объясняется позже.

Здесь затронут вопрос темы и ремы. Некоторые сведения есть здесь:
e-repa.ru/faq/faq-ling-03.htm

Легко понять, если знать, что артикль the произошёл от слов this, that, these, those. Подставляйте вместо артикля "тот", либо "те". И всё станет на свои места.

речь идёт об "именно Томми был именно учёным"... ошибки нет

вот у тебя проблемы. . .

определённый артикль the(в данном случае! может означать) -

1-для выделения предмета или явления внутри данной категории,

(I dislike the man -я не люблю Этого человека)

2- указывает на то, что данный предмет или лицо известны говорящему