Почему в этих предложения to be в конце ?| Just tell me where my son is? They will know who we are? Какую тему читать?

Олег точно указал, что у вас предложения НЕ вопросительные (соответственно, знак вопроса совершенно не нужен) , поэтому сохраняется прямой порядок слов.
Однако, существуют также действительно вопросительные предложения, которые состоят из двух частей (предложений) , причем в первом - обратный порядок слов, а во втором - прямой. Сравните:
1) Сколько тебе лет? How old are you? (простой вопрос)
1а) Ты мне скажешь, сколько тебе лет? Will you tell me how old you are? (составной, или косвенный вопрос) .
2)Где Боб? Where is Bob? (простой вопрос)
2а) Ты знаешь, где Боб? Do you know where Bob is? (косвенный вопрос) .

Возникает вопрос: почему нарушается правило инверсии в вопросительном предложении?
А оно не нарушается! Надо просто подумать: о чем мы на самом деле спрашиваем. В случае 1а) мы спрашиваем "Ты скажешь? ", в случае 2а) "Ты знаешь? " Поэтому именно здесь (т. е. в главном предложении) инверсия наличествует.
Где это искать в справочнике? Примерно так: Раздел Синтаксис, тема Сложноподчиненные предложения, параграф Косвенный вопрос.

Да, есть такие нюансы.

Это сложноподчинённые (COMPLEX) предложения. Как я понимаю, знаки вопроса - Ваши, а не авторские. И в придаточном - прямой порядок.
Более того - при преобразовании его в вопросительное порядок слов придаточного сохраняется: "Where is my son? Could you tell me where my son is?"

Согласна с Олегом, можно ещё добавить:
в придаточном предложении должен быть прямой порядок слов (как и в главном, собственно говоря) , т. е. подлежащее + сказуемое.
[Just tell me] (where my son is). В квдратных скобках - главное предложение, в круглых - придаточное.

Потому что это НЕ вопросы и сказуемое (глагол to be) стоит после подлежащего. Читайте тему "косвенные вопросы".