I keep it caged. Почему здесь есть окончание -ed? Ведь Я держу в клетке сейчас.

Держите сейчас - это keep. А caged - это в клетке.

Потому что caged это причастие. Дословно "Я держу это (см. контекст) [в состоянии] "заклетненный". Я написал именно так, чтоб вы поняли суть. Потому что caged это не глагол. Вы делаеете ошибку, потому что думаете по русски.

он\она (животное, птица) содержится в клетке

потому что что caged - заключенный в клетку.

Заглянув в словарь, мы увидим, что cage - не только клетка, но и глагол "сажать в клетку". С окончанием -ed получается: а) прошедшее время - посадил в клетку; б) страдательный залог - посажен в клетку.
В данном случае подходит б).
Получаем в дословном переводе "Я держу его посаженным в клетку". Но по-русски так не говорят, поэтому переведем: "Я держу его в клетке".

...держу "заКЛЕЧенным" (в клети, заключённым)
Потому и приЧАСТие, что функционально причастно именно глаголу, образовано на его основе

В грамматике этот пример можно отнести к вопросу о "двойном сказуемом" (double predicate).
The moon rose red.
I cannot wash my shirt clean.
I keep my hamster caged.
He was born rich but he died penniless.

Держите включенным. УЖЕ включенным. А раз вы УЖЕ включили то дело прошедшее как не крути. А держать можете и сейчас никто не запрещает ))
It is caged.

Потому что это глагол.

страдательный залог

Правила алглийского языка учи !