Почему в одних языках имена существительные имеют род, а в других - нет?

В раннем праиндоевропейском языке существовало разделение на одушевлённый и неодушевлённый род, позже произошло разделение одушевлённого рода на мужской и женский, а неодушевлённый стал средним, о чём свидетельствуют особенности склонения в среднем роде.
В дальнейшем эволюция индоевропейских языков привела к тому, что средний род в некоторых из них перешёл в категорию мужского, например в испанском, итальянском. Английский же утерял различия падежных окончаний, что привело к исчезновению категории рода в нём. Русский язык сохранил все рода.

Некоторые языки бедные и примитивные.

если бы во всех языках мира всё было одинаково, то на кой васаби понадобилось бы столько много языков?

читай Плунгян В. А. "Почему языки такие разные. Популярная лингвистика" (легко читается, есть вконтакте)

Род существительного - чисто индоевропейская особенность. Соответственно, в индоевропейских языках он есть (кроме тех, где уже атрофировался, типа английского), а в неиндоевропейских их никогда не было и нет.

Они разные - поэтому.

У каждого языка свои принципы и особенности. Понять эти различия может не каждый. Богатством языка можно считать и то, что род есть в нем, и то, что на этом языке мысль ясна и без рода. Например, в моем собственном языке род существует лишь из толерантности. Он соответствует полу организма. У неодушевленных и бесполых - средний. Также в русском шляпа среднего рода, а в испанском - мужского (в испанском вообще среднего рода нет). Стол на немецком - среднего рода, если не ошибаюсь. Вот такие вот делишки)