Лингвисты, объясните мне с точки зрения лингвистики, почему так получилось...

Так это в каждом случае по-разному.
Например, "насекомое" - калька с латинского insectum "с насечками", отсюда и английское insect, например.
Слово "зенит" попало в русский и многие европейские языки из арабского, где писалось как samt.
Незабудка - калька с немецкого Vergissmeinnicht, что тоже означает "не забудь меня". И в английский это слово тоже пришло из немецкого, как пишет Википедия - в 1398 году.
Русское слово "шапка", например - транслитерация с французского chapeau, причем оно еще, что интересно, совершило обратный переход, и теперь во французском есть слово chapka, что означает не просто "шапка", а ушанка.
И так по каждому слову. Примеров можно приводить сотни. Калька, транслитерация, происхождение от общего предка - механизмов немало, и в каждом случае он свой.

классический пример: corn - зерно. в английском было великое перемещение гласных (e>>o), и смещение согласных z[s]>>c
если бы мы знали все закономерности развития всех языков - можно бы было тот самый древний пра-язык восстановить, и более того, из любого слова в любом языке вывести его же в любом другом языке.
а уж на уровне речевых произведений на уровне выше слова - там вообще труба - потому что снова же язык развивался (и грамматика, и стилистика, и все остальное) в соответствии с действительностью, которая была у того или иного народа. то есть еще страноведение надо принимать во внимание, и культурологию, и мало чего еще...

Древние греки и древние римляне называли незабудку "мышиное ухо".
Впервые название травы, связанное с незабыванием, появилось в немецком языке ("Vergissmeinnicht") в средние века. Позже оно перешло во французский и английский языки, а затем - почти во все языки Европы.
В русском языке незабудка имела раньше много названий: грыжная, миронник, дубравка, измодень, волосовая, горлянка.
Слово "незабудка" впервые зарегистрировано в русском языке в конце XVIII в. Оно появилось как калька с французского. Красивое и поэтичное название быстро вытеснило старые имена.
Слово "незабудка" продолжает завоёвывать мир. Оно не так давно проникло в китайский, японский, эсперанто, языки народов СССР, иврит.

Слова-кальки, произносимые совсем непохоже и переведённые дословно, не имеют никакого отношения к древнему праязыку. Они появились в эпоху письменности, когда грамотные люди - монахи, учёные, занимались письменным переводом.