Объясните формы с глаголом to have

Есть разница в смысле в предложениях - He has an apple. He does have an apple. ?
Разница заключается в том, что когда вспомогательный глагол do/does/did (does в данном случае) появляется там, где его быть не должно, то есть в утвердительной форме, то он усиливает значение смыслового глагола. Это называется, как вам уже верно заметили, эмфаза. Эмфаза - усиление.

He has an apple. - У него есть яблоко.
He does have an apple. - У него всё-таки/на самом деле/действительно есть яблоко.

В одном самоучителе все предложения строятся через do, does. - Это неправда. ВСЕ предложения строиться через do/does не могут.
Через do/does строятся только ВОПРОСИТЕЛЬНЫЕ и ОТРИЦАТЕЛЬНЫЕ предложения (за исключением эмфазы в утвердительных), и только в форме Present Simple.

Мне кажется, вы не совсем об этом хотели спросить. Скорее всего, вас удивило другое - почему в некоторых предложениях со смысловым глаголом have нет вспомогательного глагола для вопроса и отрицания, а в других - есть. Не?
Например:
He has got an apple.
He hasn't got an apple.
Has he got an apple?
Так спросят в Британии (без вспомогательного глагола)

He has an apple.
He doesn't have an apple.
Does he have an apple?
(Американский вариант)

does - для усиления - действительно, всё-таки

это называется эмфаза
http://www.lovelylanguage.ru/grammar/rules/619-emotional-amplification

He has это длительное действие которое он до сих пор делает. He has been working as a doktor for 10 years значит он до сих пор им работает. А he does значит действие которое он повторяет постоянно he goes to a gym every week он каждую неделю это делает и будет делать