Нация - национализатор. Унификация - унификатор. Уникальность - какое слово будет?

Унификатор и национализатор - тот, кто осуществляет некий процесс. В данном случае национализацию и унификацию. Т. е. слово является производным от отглагольного существительного. Уникальность - не процесс, а явление, и адекватного слова тут не получится. Если я правильно поняла логику словообразования в вашем случае.

Неуникальное уникальным не сделаешь - разве что уничтожить всё с ним схожее... Поиск уникального - это не создание его из чего-то иного, и слова с концовкой (суффикс + окончание) "-зация" в данном случае неуместны.
Можете обозвать свою программу "unicals-searcher", что-то типа этого...

Национализация <-> национализатор. Уникальность - уникум.

Уникализатор?

слова национализатор, унификатор имеют суффиксы со значением 'лицо, выполняющее действие по глаголу (названное глаголом)'.
нация -> национальный -> национализировать -> национализатор
унифицировать -> унификатор
унифицировать -> унификация
....
у слова уникальность тоже может быть такая словообразовательная цепь или парадигма:
уникальность -> уникализировать -> уникализатор
уникальность -> уникализировать -> уникализация

другое дело, что слов уникализировать, уникализатор нет в словарях, а раз они не кодифицированы, то являются разговорными формами, ненормативными формами с точки зрения литературного языка. можно сочетания использовать: вместо уникализировать делать уникальным
- уникализатор заменяется громоздко: тот, кто делает уникальным.
- слово уникализация есть в педагогическом словаре http://dic.academic.ru (уникализация образования)
....
вообще разговорный стиль не такой строгий. наверное, можно говорить и писать уникализатор в разговорном стиле. главное, чтобы вас понимали. хотя с этим словом наверняка будут переспрашивать. в художественном стиле точно можно употребить: в нём, что хотят, то и делают. в других стилях, наверное, лучше не использовать. разве что есть такой термин в какой-нибудь науке, технической, скорее всего.