Вопрос про Do you? И отрицанием

Do употребляется в вопросах и отрицаниях.
Похвально, что вы учите самостоятельно. Но, по идее, это правило находится там же, где и объяснение про do в вопросах. "Я думал" - весьма странный подход. Русский с английским настолько различны, что так вы много не надумаете и не выучите. Поэтому почитайте внимательно тему Present Simple.
Почему же всё-таки нельзя not understAnd? Потому что not всегда идёт при глаголе, а точнее - после него (исключение - инфинитив: not to understand - не понимать). Но большинство английских глаголов настолько слабы, что не могут его присоединять, и нуждаются в помощнике do. Для них "не" - это не not, а don't/doesn't/didn't.

Насколько понял, когда в предложении появляется частица "не", у англичан уже не хватает сил проспрягать последующий глагол по времени.

Если в прошедшем времени, то вот так: "not understanded". Поэтому им приходится прибегать к помощи простого "do", которое заменяет спряжения глагола. - "Did not understand".

Do это вспомогательный глагол
у английского строгий порядок слов в вопросах всегда глагол на первом месте и вот вместо
You understand not me?
они скажут Do You understand
но иногда Do не вспомогательный глагол а основной.
Кстати тут еще одно правило SVO
в утвердительных предложениях
К примеру в русском мы можем сказать
Я говорю тебе
И тебе говрю я
и мы всегда можем отличит где обж где сабж потому что местоимения изменяюстя по падежам но в англиском падежей нет
если I это сабж me это обж
то для You нет разницы
и обж и сабж различаются порядком слов
поэтому у вас в вопросительном получился благодаря вспомогательному глаголу порядок слов такой же как в утвердительных но при этом все равно вопрос начинается с глагола
зы я там не правльно написал
вопрос должен бы звучать по идее
understand you me
но так не говорят
а говорят Dο Υοu understand me
и при этом тот же порядок слов что и в утвердительном
You understand me
Это очень удобно кстати в некоторых языках утвердительные от вопросительных отличаются только интонацией

действие