Как лучше учить иероглифы (японский) ?

Без правильной методики толку не будет.

что тебе мешает попробовать оба варианта? тебе нужно чьё-то разрешение для этого?

Базовые иероглифы лучше вызубрить., остальные - в контексте.

Зависит от Ваших задач. При современном развитии техники можно выйти на весьма сносный уровень устного общения, не зная ни одного иероглифа. Впрочем, это было можно и раньше, но дольше. Неграмотные-то были!
А вот для работы с научно-техническими текстами знание иероглифики необходимо.
Если ближайшая цель - сдать какое-нибудь "норёку", по программе этого "норёки" надо и учить.
Из предложенных Вами вариантов второй явно рациональней. Дело в том, что значений и чтений (включая редкие) очень много, поэтому если начать их учить, они повиснут мёртвым грузом. Наша память не дура и будет брыкаться, пытаясь этот груз сбросить.
Напоследок хочу отметить, что важно выучить ключи и базовые элементы, из которых состоят иероглифы.
Ну и, повторюсь, трудно давать советы по изучению вообще - хороший костюмчик кроят по фигуре.

хз насчет правильных методик, у меня повышенная обучаемость, так что я могу позволить себе хоть тупой зубрежкой учить и все равно будет успешный результат, но лично для себя я выбрал такой путь:

берешь список с иероглифами из норёку сикен, или из школьной программы по годам. разбиваешь его на группы по 20 и учишь в 4 волны:
1) заучиваешь чтения каждого иеролифа 1-2 он и 1-2 кун, и его ОСНОВНОЕ значение
заучив - проверяешь себя, чтобы все запомнилось. обычно на это тратится от получаса до часа. но эта стадия - просто знакомство, не нужно рассчитывать на идеальное заучивание. не переусердствуй.

2) выписываешь к каждому из иероглифов несколько слов содержащих его. причем, что важно, по одному слову на каждое из чтений (разные чтения имеют разные значения) и учишь их.
это основной этап, тут ты:
А) формируешь взаимосвязь иероглиф-слова. очень сильно укрепляешь знание чтений, т. к. когда они связаны со словами - забыть их труднее, и в то же время, когда ты учишь слово, в состав которого входит известный иероглиф - выучить его проще, то есть тут очень мощная синергия образуется:
иероглиф помогает выучить слова, а слова помогают не забывать иероглиф
Б) происходит более тесное знакомство со смыслами. если на первом этапе ты учил только основное значение, то тут ты учишь все, и что важно, четко ассоциируя каждое из значений иероглифа с его конкретными чтениями

ну и да, разумеется такой способ очень быстро расширяет словарный запас.

3) написание иероглифов. когда с фонетической частью разобрался - бери тетрадку и листик, напиши чтения либо смыслы выученных иероглифов. затем, к кажому из чтений либо значений напиши соответствующий иероглиф. тебе может показаться, что пока ты учил их чтения и слова, написание хорошо запомнилось, но на практике выяснится, что примерно в половине ты можешь забыть какую-то из линий или и вовсе целый ключ.
на этом этапе, очевидно, работай до тех пор, пока не запомнишь написания.

4) устранение пробелов. так или иначе некоторые из иероглифов будут учиться труднее, на этом этапе ты концентрируешься на них. чтения, слова, написание, все что у тебя вызывает сомнение - перепройди еще раз.

по хорошему, есть смысл добавить 5-ый этап - отсроченный тест. примерно через 3-7 дней, после завершения 4-ой стадии нужно вернуться к пройденной двадцатке и проверить себя на знание всего изученного к ним. разумеется в этом промежутке 3-7 дней ты можешь рабодать над следующей 20-ой
если 20 будет сложно - можешь брать группы по 10, возможно так даже эффективнее.