Есть ли необходимость учить наизусть онные значения иероглифов в японском?

Да, онъёми учить обязательно. В противном случае Вы просто не сможете читать слова, и смысл от изучения иероглифов будет нулевой. Какой смысл учить, если в итоге Вы всё-равно не сможете прочитать?

Пропускать можно только редкие чтения. Пособия обычно выделяют такие чтения.

Если у Вас есть проблемы с изучением, попробуйте изменить подход. Например, Вы сказали, что в словах Вам запоминается легче. Как вариант, можете учить вместо чтения слово, а когда нужно называть чтение (при изучении иероглифов), Вы вначале вспоминаете это слово, а потом достаёте из него чтение. Скорость снижается, но раз чтение Вы смогли назвать таким способом, то норм. Со временем эта промежуточная операция отпадёт автоматически.

Это был лишь один пример. Думаю, можно придумать и много других вещей, чтобы "изменить" изучение и обойти Вашу проблему.

Также, возможно, Вам будет интересна статья:
https://akanji.ru/articles/Как-выучить-кандзи

PS. В 台所 первый иероглиф читается по ону, а второй по куну (а не оба по онам, как Вы сказали).

> я слыхал, что сами японцы до конца на 100% не знают свой язык

Знают. Просто как судить. В какой-то степени русскоязычные тоже не до конца знают русский (даже при очень хорошем знании), но это притянуто за уши. С японском абсолютно тоже самое.

Никто до конца не знает свой язык, уж больно сложное явление в целом. Я думаю, что пока можешь читать тексты и выполнять упражнения, этого достаточно, остальное должно нарабатываться при практике и живом общении и уходить куда-то в рефлекторную область памяти, так что если сейчас что-то не лезет в голову, лучше просто отпустить это пока что.

Ежжяй в Епонию там и научисся, а пока учи англ, если чо пригодица в Епонии
А иероглифы точно епонские?

Есть мнения, что все страны, у которых иероглифы, перейдут на другие языки, более нормальные.

учить нужно рекомендованные чтения
их количество сильно зависит от знака. иногда это только он или только кун.
полностью игнорировать оны крайне не рекомендуется.
впрочем, можно проигноривать письменность в целом. такой подход иногда оправдан.

そのルーブルをください а вдруг пригодится

Учи уже в составе слова, так и сразу 2 или 3 запомнишь, из которых слово состоит, по моему лучший вариант)