Почему в Библии на английском такое употребление shall и will?

текст Священного Писания так же, как и у нас, включает в себя множество устаревших слов и слов, употребленных в устаревших значениях.
shall и will ранее употреблялись как модальные глаголы (употребляются и сейчас, но в намного меньшей степени, shall вообще сузил свою сферу применения до юридических текстов), shall имел значения долженствования, will - воли (и затем от "я хочу", "я изъявляю волю" значение также сместилось ближе к "я должен", "я обязан"). все это вполне понятно тем, кто заглядывал хоть раз за рамки школьного курса, где shall и will изучают исключительно в контексте Future Simple.

Потому что используется второе лицо единственного числа (местоимение thou - ты), с соответсвующими правилами склонения. В современном английском оно не употребляется.

Хотя в школе учат что shall употребляется с первым лицом множественного и единственного числа, а will с остальными, но это не совсем так.

Если shall и will выражают сильную решимость или неизбежность, то они менятся местами.

В известной сцене из властелина колец, когда Гендальф бьётся с балрогом и говорит ему "Ты не пройдёшь!", в английской версии это "You shall not pass", хотя по "стандартному" правилу должно быть "will"

всё верно. какие проблемы у вас с этим? не знаете разницы между will & shall?
так, почитайте грамматику и словарь.
will это просто для обозначения будущего времени
shall это будущее время глагола must, зачастую это вообще приказ к какому либо действию
you shall do it, you shall obey и т. д.

потому что в то время когда ее переводили, в английском языке еще были употребительны слова "thou" (ты). Соответственно и формы глагола были соответствующие: I shall, thou shalt.