Японский язык . Подскажите смысловую разницу между двумя вопросами : 銀行 はどこですか。銀行はどこにありますか。

銀行はどこですか。— Где банк? (вежл) / Где находится банк? (вежл)
銀行はどこにありますか。— Где находится банк? (вежл) / В каком месте находится банк? (вежл)

に увеличивает значимость места/времени, после которого стоит. Наглядный пример:
先週に図書館に行った — я ходил в библиотеку на прошлой неделе
先週で図書館に行った — на прошлой неделе я ходил в библиотеку

В целом различия между двумя фразами с 銀行 достаточно малы, и Вам их знать не нужно. Со временем по мере слушанья языка (после 1–нескольких тысяч часов) Вы начнёте понимать подобные различия интуитивно, но даже если не начнёте, вполне можно прожить и без понимания, считая эти фразы с 銀行 полностью идентичными. Это помешает ни говорению (можно взять любой из этих двух вариантов с 銀行), ни слушанью.

вариант с あります более вежливый/учтивый потому как вы упоминаете что именно про банк вам нужно узнать... а не завставляете слушающего догадываться...

это как в какой-то в сценке про тугую секретаршу
её спрашивают:
- начальник у себя?
она отвечает:
- у себя что?

хотя многие именно через です лепят... торопятся... понятно ещё если в справочном спрашивают... там работа такая... на такие вопросы отвечать.
но если ты на улице бабушку за ногу схватил (а) и спросить хочешь, то будь вежливее...

Смысл одинаковый, разница грамматическая. В любом языке есть разные варианты для выражения одной и той же мысли.