ферменты, аминокислоты

1) в чем разница между аминокислотой и остатком аминокислоты, и есть ли она?
Конечно есть. Аминокислота - молекула, остаток аминокислоты - часть молекулы пептида или белка. В остатке аминокислоты в аминогруппе нет одного Н, а в карбоксильной - ОН, за счет этого остатки аминокислот соединяются друг с другом пептидными связями

2) кофактор содержит ВСЁ: ионы метала+коферменты+витамины, или у каждого фермента по разному кофактор содержит что-то одно из перечисленного?
По-разному. Есть три вида кофакторов: 1) атомы метала (не ионы) 2) коферменты 3) простетические группы. Витамины - часто являются предшественниками коферментов или простетических групп.
В конкретном ферменте может присутствовать что-то одно, некоторые ферменты активны без кофакторов

3)что такое коферменты, и какая роль им отведена?
Это кофакторы, которые непрочно связываясь с ферментом, обеспечивают его активное состояние.

4) что стоит за обозночениями CoA, FAD, NAD, NADF (я так понял, это и есть коферменты? )
КоА (=СоА - англ. ) - кофермент А = коэнзим А (А - первый)
ФАД (= FAD - англ. ) - флавинадениндинуклеотид, простетическая группа дегидрогеназ, переносчик водорода и электронов (н-р в цикле Кребса)
НАД (= NAD - англ. ) - никотинамидадениндинуклеотид, кофермент дегидрогеназ, переносчик водорода и электронов (н-р в гликолизе и в цикле Кребса)
НАДФ (= NADF - англ. ) - никотинамидадениндинуклеотидфосфат, кофермент дегидрогеназ, переносчик водорода и электронов (н-р, в фотосинтезе)

Открой раздел "Химическая организация клетки " и все будет понятно. Иначе в 10 классе делать нечего.