Как выбрать ученый совет для защиты диссертации?

Совсем самому нельзя - надо, чтобы руководитель все-таки согласился им быть, хотя бы номинально.
Если он совсем с Вами распрощался, то попробуйте сменить руководителя, хотя это и сложная задача, но, может кто-нибудь найдется.. .

На моей памяти девушка сменила оппонента за 2 дня до защиты

А совет Вы можете и сами подобрать, можно попробовать и на периферии.
Список советов по этой ссылке.
http://vak.ed.gov.ru/common/img/uploaded/files/vak/2010/news/10/sovety_na_28-10-2010.doc
http://stepeni.ru/2010/09/18/spisok-dissertacionnyh-sovetov-01-09-2010/

Интересно, а как это - победа на международной конференции? Там что, места распределяли?

"но они после рассмотрения экспертной комиссией сообщили что есть недочеты в автореферате и тема в общем не соответствует той по которой можно у них защититься и посоветовали поискать другой ученый совет"

это вежливая форма отказа по научным соображениям: совет же не хочет, чтоб ВАК его прикрыл за несоответствие.. . никто же Вам в лицо не скажет правду, ибо -- традиции. Хотя, всякое бывает. Но уж точно не на "ответах мейл ру" спасения искать:)) )
Отговорки типа "недочеты в автореферате" и "тема в общем не соответствует" -- чисто формальные отмазы: посмотрите авторефераты диссертаций, принятых в данном совете за последние 5 лет

Елена Казакова!
"Совсем самому нельзя - надо, чтобы руководитель все-таки согласился им быть, хотя бы номинально. "
Формально -- можно. На моей памяти в 1997 г. была защита кандидатской в Питере, в одном из советов СПбГУ, где на титуле стояло "работа выполнена без научного руководителя"...
Но и работа была блестящей.