почему в качестве топлива в реакторах используют Уран, а не Плутоний?Плутония как ископаемого меньше на Земле чем Урана?

Плутония, как ископаемого вообще не существует в природе. Это "искусственный" элемент, получаемый в ходе некоторых ядерных реакций.

В урановой руде содержится очень много урана-238, но не расщепляется в реакторе.
Тогда из руды отделяют уран-235, который хорошо расщепляется, а уран-238 кладут рядом в реактор. Под действием нейтронов при расщеплении урана-235 "плохой" уран-238 превращается в плутоний, который уже расщепляется хорошо.
Т. к. урана-238 много и он весь превращается в плутоний, то поэтому плутоний и является основным ядерным топливом как в бомбе, так и на АЭС.

В урановых рудах в результате захвата нейтронов ядрами урана образуется нептуний (239Np), продуктом β-распада которого и является природный плутоний-239. Однако плутоний образуется в таких микроскопических количествах (самое большое отношение 239Pu/238U составляет 15×10^−12), что о его добыче из урановых руд не может быть и речи.

Незначительные количества 239Pu и 244Pu могут быть найдены в природе. В среднем, содержание 239Pu примерно в 400 тыс. раз меньше, чем у радия (Радий довольно редок. За прошедшее с момента его открытия время — более столетия — во всём мире удалось добыть всего только 1,5 кг чистого радия)

в реакторах используют U235 т. к. при его распаде возможна самоподдерживающаяся цепная реакция (при распаде ядра вылетают нейтроны которые приведут к распаду других ядер) . а например U238 "любит" захватывать нейтроны - поэтому если со стороны однократно облучить его чтобы запустить реакцию через время реакция распада остановится