Почему за миллиарды лет существования земли с ее поверхности испарялись древнейшие моря и океаны?

Ну за исключением той части, которая за это время улетела в космос, все вернулось на место.
Просто "древние моря" - это пространства (впадины) между матенриками (континетальными плитами), заполненные водой.
Континенты на месте не стоят. Они много раз собирались в оду кучу, а потом снова разъезжались по всей земной поверхности. Понятно, что и промежутки между ними (моря и океана), становились то больше, то меньше. Или вообще исчезали (схлопывались, когда материки наезжали друг на друга.

Но одни моря/океаны исчезали (остатки исчезнувшего океана Тетис - Средиземное море, Черное море и южная часть Каспийского моря), а другие появлялись. Среди прочего появился например Атлантический океан.

Потому что вода имеет свойство испаряться.
Никуда эта вода не делась, вернулась благополучно.

Они из-за подъема суши исчезли, перетекли, если проще.

вернулись

почему не вернулись? простоспаряются они в одном месте, а осадки выпадают в другом и пока водичка по суше течет к океану ее путь может изменяться естественными факторами или человеками, и ка к в случае с аральским морем получилось так, что испаряться испаряется а обратно в достаточном количестве не притекает.

Так она ж после испарения в виде дождя или снега обратно в землю возвращается... а если ты имеешь в виду почему не сохраннились древние моря и океаны то тут геотектоника виновата а не круговорот воды)