Почему лучи пробиваются через облака так, что кажется как будто Солнце находится чуть выше облаков?

Потому что на данном снимке угол возвышения Солнца над горизонтом действительно ненамного больше угла возвышения облачного слоя.

Когда кажется креститься нужно

Это перспектива. Смотрите статейку по мотивам "плоских" недоразумений http://daybit.ru/solnechnye-chasy/ploskaya-zemlya.html

Там читайте начиная со слов: "добавление от 2016-06-27 Вчера с астрономического форума ...", и открывайте по ссылкам отдельные картинки, чтобы понять, как они были сделаны. И вот результат:

Эта иллюзия обусловлена тем, что на снимке отчётливо видны лишь лучи от нижней части солнца. При том это лучи не падающие отвесно, а идущие почти по горизонтали, и получается, как в песенке: "А рельсы-то, как водится, у горизонта сходятся.. " И возникает иллюзия, что солнце выше всех расходящихся от него лучей. Более того, если внимательно всмотреться в снимок, можно заметить и другие слабые лучи. И тогда солнце оказывается в центре схождения всех лучей.

Красные линии на фото 2 не параллельны видимым лучам, оба фото сделаны в разное время.

Скорее всего, дело в перспективе, но: вам кажется, а мне, например, не кажется.
Есть оптические иллюзии, которые мне нравятся, а ваши картинки лично для меня выглядят совершенно естественно.

Не понимаю, что тут можно объяснять: -)

это перспектива

Перспектива. Солнце не просто выше облачков чуть-чуть, а еще и на расстоянии 150 млн км от них.

Красиво, Бог дарит картинки.

да фиг знает....

Так и есть. Сейчас только дегенераты верят, что Солнце якобы в миллионах километрах от Земли находится и якобы в миллионы раз больше.

а когда вы смотрите на рельсы уходящие в даль они тоже кажется сходящими.
так и тут.