Система и множество в физике

На ум приходят два RLC-контура, которые связаны через взаимоиндукцию катушек.
Вот пример физической системы, у нее есть физ законы (в рамках нашей модели - законы Ома, Кирхгоффа, Био-Савара-Лапласса,..). В рамках этих законов контуры взаимодействуют через катушки, которые чувствую магнитные поля друг друга.
А потом мы разводим их на такое расстояние, где влияние катушет друг на друга прекращается. Это общую систему мы все еще можем рассматривать. Она подчиняется все еще тем же законам (в рамках которых ее части не взаимодействуют).
На языке математики система уравнений для токов в контурах распадется на два независимых уравнения для каждого из токов.
Я не очень понимаю, почему у вас возник такой вопрос. Почему вам кажется, что две системы, даже невзаимодействующих, нельзя представить как независимые подсистемы одной общей системы?

Ну расмтри пример - два маленьких деревянных шарика в космосе, пркоящиеся на расстоянии 1 км друг от друга. Никаких связнй между ними нет.

Приложил силу к одному - он ускоряется по второму закону Ньютона.
Рассмотри эти два шарика как систему - ее центр масс ускоряется так, как будто вся масса системы сосредоточена в нём.

Как тебе природу разбивать на физические/механические системы - дело твое. Это вопрос удобства (как и, например, выбор системы отсчета), а законы физики стараются писать так, чтобы они универсальными были.