Естественные науки

Где можно найти полный геном многоклеточного, пусть примитивного, но от 5' до 3'?

Буду очень благодарен, если подскажете, где можно скачать/увидеть полный геном многоклеточного, пусть даже морской звезды или губки, но всю ДНК, с указанием генов и интронов. В литературе есть много примеров и генов, и их расположения, но целиком нигде не нашёл .
Обычно пользуются системой Entrez, раздел Genomes. Но для эукариот полностью прочитаны только несколько водорослей, вроде бы. У остальных - максимум 95% эухроматина. С генами - файлы формата gbff.
BM
Bauyrzhan Madigaliyev
10 244
Лучший ответ
Bauyrzhan Madigaliyev www ncbi nlm nih gov/genome/browse#!/eukaryotes/

Точки вместо пробелов
Евгения Горина Спасибо. К сожалению я переоценил свои возможности разобраться в чужой теме. Я хотел увидеть распределение генов по их длинам и распределение длины интронов -частоты их размеров, отдельно -распределение для некодирующих частей между генами. Литературы на эту тему не нашёл, сам бы сделал, но нужны данные в виде столбца, с пометками -это начало экзонов, это начало интронов, это промотор... Такие данные есть даже в статьях, но про митохондриальные ДНК, хотелось бы ядерные.
как специалист, подскажите, пожалуйста, какой может быть запрос на английском для поиска статей о распределении длин интронов, генов. Буду очень благодарен.
Bauyrzhan Madigaliyev Ну, тут будут сложности. Аннотировать гены можно по- разному. Для человека есть с десяток разных аннотаций, основная сейчас Gencode, которая считает генами все транскрибирующиеся участки. У многих генов есть разные варианты сплайсинга, соответственно, экзон-интронная структура различная. Чтобы определить ее надо делать дополнительно секвенирование мРНК, а это только для модельных организмов пока делается.
По поводу поиска статей - не думаю, что кто-то заморачивался такой математикой.
Я думаю, проще всего Вам взять хорошо аннотированный геном червяка Caenorhabditis elegans, скачать с ftp gbff-файл с координатами генов и экзонов (обозначены в полях join) и написать прогу для анализа.
Про промоторы забудьте. У эукариот слишком сложная и пока малоизученная система регуляции генов.
Евгения Горина Mix, спасибо большое, искал и нашёл коды геномов по Вашему совету. Однако, поднапрягшись с английским, нашёл все же статьи по распределениям. Целый подраздел генетики оказался ...Разобраться безумно тяжело, у них уже свои сокращения. По ссылкам в этой вот статье (если Вам может быть интересно) Academic oup com/mbe/article/23/12/2392/973150 пытаюсь все же найти результаты распределений длин интронов и отдельно целиком генов (с интронами). Мне главное узнать - они Пуассоновские, то есть случайная длина у тех и других, а если нет, то какая. Пока понятных гистограмм не нашёл
ну, не знаю, мне гугль по поиску "full dna code of" выдал кучу ссылок. вот первая:
https : // www . ncbi.nlm.nih.gov/guide/howto/dwn-genome/
Гулнур Казиева
Гулнур Казиева
93 014
Вопрос интересный. Давай разбираться что именно ты ищешь.

Отмечу, чтобы не было путаницы прежних веков до открытия белков РНК/ДНК, эти чохом называли так, как видели под микроскопом — хромо+сомы (=окрашенные+тельца). Так по инерции или начитавших прежних учебников их иногда называют и сейчас — в результате путаница, если деталей не знать.

Итак, геном, о котором ты спрашиваешь. Это набор или РНК, или ДНК. Они могут быть самостоятельными (единичными) или парными (сцеплёнными). Например, у человека в ядрах клеток, из которых он состоит, ДНК парные, и таких пар 23, т. е всего ДНК 46. У высшей обезьяны — 24 (48), у мелких её предков — 50 и более, найди в Вики.

Кстати, полно ДНК и не только в ядре, но и в митохондриальном его окружении, где необходимая АТФ (=энергия) и пр.

Тебя интересует уровень ниже. Какой? Что искать? Посмотри: эти названия, данные биологами, зубодробительны — запомнить могу пару-тройку от силы.

Похоже для начала это всё, только ты не упомянул ещё "спейсеры" в ДНК, в которые сейчас вовсю встраивают гены со стороны — чужие. У растерий — для повышения урожайности или повышения устойчивости к неблагоприятным условиям и вредителям.
Владимир Tourer V
Владимир Tourer V
87 472
Евгения Горина Да, слово "геном" в данном случае неудачно. Ищу полный код ядерной ДНК многоклеточных.
Евгения Горина И, кстати, ДНК в любой клетке одна. Это хромосом в человеческих клетках 46, а на них намотана одна ДНК.
интересно, зачем? У вас есть план, как провести эксперименты с генами и поменять их?