Есть ли микроорганизмы которые не видны даже в электронный микроскоп?

возможно и есть, но мы их не видели

Термином «микроорганизм» обычно называют одноклеточные существа, которые различимы в световой микроскоп, но не видны невооруженным глазом. К микроорганизмам относятся почти все прокариоты, а также ряд эукариот, например, дрожжи. Большинство вирусов можно рассмотреть только в электронный микроскоп, и чаще всего вирусы в понятие «микроорганизмы» не включаются.

Конечно

Демоны Максвелла :)
Прионы. На самом деле живыми их назвать нельзя, но некоторые свойства живого они проявляют

Да. Это те, кто не явился на осмотр.
Процесс разглядывания в электронный микроскоп таков, что надо заранее подготовить материал. Это предполагает, что заранее известно чего ищем. А не знаем, то и на осмотр не попадёт.

Маленькие зелёные крокодильчики, которые питаются электронами и носятся за протонами?

нет нет таких. Вирусы есть. Вроде живые но в то же время и нет.

У разных электронных микроскопов - разная разрешающая способность, не говоря о типах самих электронных микроскопов. Есть те, которые ограниченно используются в дефектоскопии, есть те, что дают до 0.4-0.1 нанометра. Вторая категория уже на субатомарном уровне, где можно, грубо говоря, посмотреть химсостав того, что ваш микроорганизм ел на обед.

Все во всем - основной принцип синкретизма, для которого характерна логика инверсии. Принцип опирается на возможность отождествления явлений на основе общности их эмоциональной оценки.
Используется также, как принцип пантеистической мысли, согласно которому божественное бытие пронизывает все вещи, а значит сущность любой вещи есть в любой другой вещи; тем самым любая вещь по своей сущности присутствует в любой другой вещи.