может ли одновременно удалиться файл-оригинал и файл-копия, лежащие в разных папках?

Может, но только если стоит программа синхронизации этих папок, и Вы удаляете 1 экземпляр. .

Иных вариантов не вижу..

Duplicate File Detector - мощный инструмент для поиска дубликатов файлов на вашем ПК!
Вы сможете найти дубликаты файлов любых типов, будь-то графические, музыкальные, текстовые или двоичные файлы. Используемые в программе алгоритмы позволяют быстро анализировать содержимое как небольших, так и больших по размеру файлов. Для определения дубликатов можно использовать следующие критерии: имя файла, размер файла, либо его содержимое. Для мультимедиа файлов (MP3, OGG/Vorbis, WMA) в качестве критериев также можно использовать теги "Артист", "Альбом", "Название песни", "Комментарии к песне".
Если вы имеете на компьютере сотни и тысячи документов, картинок, фотографий, музыки, видео, то часто испытываете сомнение типа "... этот файл вроде у меня уже есть, но где ...". На помощь к вам приходит Duplicate File Detector. Эта программа - мощное, и в тоже время простое в использовании, средство для поиска дубликатов файлов. Не нужно тратить свое время на просмотр своих каталогов на наличие дубликатов - доверьте это умной программе! Вам останется только решить - что делать с найденными дубликатами (копировать, удалить и т. д.) .
Позвольте программе Duplicate File Detector проанализировать содержимое вашего жесткого диска, и вы будете удивлены огромному количеству одинаковых файлов! Вы сможете освободить место на диске, удалив ненужные дубликаты. Но будьте осторожны - не удаляйте файлы, в назначении которых вы не уверены!
ВНИМАНИЕ:
Duplicate File Detector без вашего согласия сам не удаляет никакие файлы, а только помечает их в своем списке, причем даже после вашего согласия он их по умолчанию предлагает удалить в корзину, чтобы была возможность восстановить обратно ошибочно удаленные файлы! В процессе сканирования папок также не производится никаких операций с файлами (создание, удаление и т. д. ) - только чтение для анализа их содержимого.
Зачем нужно искать/удалять дубликаты файлов:
* Удалив дубликаты файлов, вы освобождаете свободное место на жестком диске, а также уменьшаете его фрагментацию
* Удалив дубликаты, вы тем самым упорядочиваете информацию на вашем ПК
* Сокращается время для поиска нужной информации
* Поисковым программам (типа Google Desktop) потребуется меньше места на диске для хранения индекса, и сам процесс индексирования ускорится
* Сокращается время, необходимое для резервного копирования данных
* Сокращается время антивирусной проверки диска

нет

Нет, это невозможно.