Подразумевает ли кадастровый номер уникальность границ участка?

Хрень полнейшая. (Хотя может и не хрень - если вы что то скрываете... ) Если вы поставили участок на кадастровый учет законным способом, то у вас его не отберут. Границы участка внесены в Единый кадастр и изменить их можно только по решению суда.
Пусть судится - ничего ему не светит, если у вас документы в порядке. Напишите ходатайство о привлечении в качестве ответчика Администрацию - пусть разбираются с ними.
И в его выписке из кадастра не может быть записи, которую вы написали. Там должно быть указано - Площадь и границы участка ориентировочные, подлежат уточнению при межевании. А ориентировочные границы - подразумевают сдвиг на немыслимое количество метров. И еще неизвестно про какой план вы говорите, про утвержденный в Архитектуре генплан с размерами или про схему участков.
Что делать? Вызовите представителя местной администрации, геодезию - они восстановят ваши границы в соответствии с вашим кадастровым паспортом, составят акт, огородите участок и никого на него не пускайте. При попытках нарушить границу - обращайтесь в милицию.

А кроме кадастрового плана у Вас есть свидетельство на право собственности, выданное ФРС? Или земля в аренде? А к исковому заявлению должны быть приложены копии документов, обосновывающих иск. т. е. разрешения, свидетельства на право собственности или пользования участком. Если они не были Вам направлены - это нарушение процессуального законодательства. На предварительном судебном заседании требуйте предоставления Вам копий документов. и советую обратиться к адвокатам, это не самые простые дела, а у Вас, как я вижу, нет опыта