Пришло требование из налоговой службы заплатить налоги на деньги, полученные на обучение от предприятия. Это законно?

Вполне, давайте обратимся к первоисточнику, к НК РФ.
http://www.consultant.ru/popular/nalog2/3_3.html#p2886
Статья 210. Налоговая база
1. При определении налоговой базы учитываются все доходы налогоплательщика, полученные им как в денежной, так и в натуральной формах, или право на распоряжение которыми у него возникло, а также доходы в виде материальной выгоды, определяемой в соответствии со статьей 212 настоящего Кодекса.

Статья 211. Особенности определения налоговой базы при получении доходов в натуральной форме
1. При получении налогоплательщиком дохода от организаций и индивидуальных предпринимателей в натуральной форме в виде товаров (работ, услуг) , иного имущества, налоговая база определяется как стоимость этих товаров (работ, услуг) иного имущества, исчисленная исходя из их цен, определяемых в порядке, аналогичном предусмотренному статьей 40 настоящего Кодекса.
2. К доходам, полученным налогоплательщиком в натуральной форме, в частности, относятся:
1) оплата (полностью или частично) за него организациями или индивидуальными предпринимателями товаров (работ, услуг) или имущественных прав, в том числе коммунальных услуг, питания, отдыха, обучения в интересах налогоплательщика;

Заплатите налог и спите спокойно. Требование законно.

ничего страшного если у вас есть ваша платёжка на оплату обучения. сейчас вы заплатите подоходный и сразу узнавайте когда подавать документы на налоговый вычет. те же 13% вам вернуться.

Следует обратить внимание на последние слова п. 2 ст. 211 НК РФ "в интересах налогоплательщика". С помощью договора (в данном случае между работником и работодателем) или иных документов (приказ о направлении работника на обучение и т. п. ) можно попытаться в суде (заявление об оспаривании действий или решений органов государственной власти) доказать, что обучение проходило в интересах работодателя.

Странно, что требование об уплате налога пришло физ. лицу, ведь налоловым агентом по НДФЛ является работодатель, который должен был (если должен) исчислить и уплатить налог с сумм, выплаченных работнику для оплаты обучения.