хочу сдать квартиру гос предприятию, как будет проходить система отчета в налоговую службу. Они говорят, что налог за м

От Вас лично, по идее, никак.
В данном случае юридическое лицо (предприятие) заключает договор аренды с физическим лицом - Вами. Причём, как я полагаю, предпринимателем Вы не являетесь.
В таком случае расчитывает налог, уплачивает его в бюджет и ведет отчетность именно юридическое лицо - оно для Вас будет налоговым агентом. Иными слоавми: предприятие при выплате Вам платежей должно будет исчислить налог на доходы (13 %), удержать (т. е. перечислить Вам арендную плату уже без налога), сумму налога - перечислить в бюджет и поквартально отчитываться.
Вам желательно по концу года (т. е. в следующем году) запросить и получить от предпрития справку 2-НДФЛ (её они тоже должны сделать и предоставить в налоговую). Из справки будет видно, какие суммы Вам выплатили и какую сумму налога удержали.

Необходимость отчитаться Вам лично возникнет только в том случае, если из справки будет ясно: налог у Вас не удерживали (соответствующие строчки - нулевые). Вот тогда нужно будет заполнить декларацию формы 3-НДФЛ, предоставить ее в налоговую до 30 апреля и уплатить налог до 15 июля.
Однако вероятность того, что предприятие (тем более государственное) не выполнит свою обязанность и не перечислит налог само - очень мала. Скорее всего, все будет правильно и никаких деклараций Вам заполнять не потребуется.
Просто для спокойствия души - запрашивайте в начале следующего года справку 2-НДФЛ и убеждайтесь, что все в порядке.

Они будут удерживать НДФЛ при выплате, как налоговый агент, это их обязанность.

у кого доход, с того и налог)))