Имеет ли право нотариус заверить договор колхоза о размере приусадебного участка написанную карандашом, и почему?

Да хоть на туалетной бумаге и карандашом, Утрирую, конечно) лишь был составлен верно, в соответствии с законом и не было подчисток. Нет конкретного закона чем писать. Подписи будете ставить при нотариусе и шариковой ручкой. Только, что Вы будете делать потом. Договор подлежит гос. регистрации и тут возникнут проблемы. К тому же, пролежав пару лет текст естественным образом потускнеет.

В соответствии с п. 1 ст. 13, п. 4 ст. 16, п. 3 ст. 18 Закона о государственной регистрации не подлежат приему на государственную регистрацию прав документы, имеющие подчистки либо приписки, зачеркнутые слова и иные не оговоренные в них исправления, документы, исполненные карандашом, а также документы с серьезными повреждениями, не позволяющими однозначно истолковать их содержание.

Нотариус скажет Вам об этом и придется тут же документ переписать или напечатать. А вопрос интересный.
Не могу только обосновать утверждение о том, что ФИО участников сделки не должно быть написано карандашом.

карандаш не котириуется. вам надо заказать кадастровый паспорт на ваш участок. по нему и ориентироваться

данный вопрос необходимо в коктретном случае, контролирующим органам нотариата, над ними то же же проверяющие есть.
сложно сказать да... или.. нет... я же не вижу этот догвор, в каком году он был написан, в каком состоянии и т. д. и т. п.

нюансов - масса...

Написанную карандашом - НЕТ. Т. к. невозможно установить, были ли в него внесены исправления.