Как исчисляется срок давности по уплате налога с продажи недвижимости (квартиры) , как понять настал он или нет?!

Предоставление декларации при продаже имущества, исчисление и уплата налога - это обязанность того, у кого такой доход возник. Самостоятельная обязанность, что предполагает, что человек сам будет исполнять закон.
Налоговая служба о такой обязанности продавцов имущества информирует. Всех. Помещая такие сообщения в общем доступе: печатая статьи в газетах, обращаясь по радио, пуская "бегущую строку", в интернете, на плакатах и в буклетах, вывешивая объявления и т. п. Причём особенно "активизируется" в начале каждого года.
А вот обязанности напоминать об этом каждому конкретному продавцу лично (письмами, СМС-ками или как-то иначе) у налоговиков нет. Они могут это делать, выявляя факты продажи имущества (а об этих фактах они, кстати, могут узнать и позже) и непредставления деклараций, но не обязаны.
Сроки давности ещё не прошли, так что, потребовав сейчас представить декларацию за 2012 год, ничего страшного, незаконного или вопиюще безобразного, они не совершили и ругать их не за что.
Свои обязанности не исполнили именно Вы.
Указывать на то, что Вы были введены в заблуждение риэлтором (человеком комптенетным в области сделок с недвижимостью и, как можно предполагать, со связанными с этим юридическими тонкостями, в том числе и с налогами) , можно. Это не избавит Вас от обязанности предоставлять декларацию и уплачивать налог с пенями, но может быть принято в качестве смягчающего ответственность обстоятельства, т. е. может помочь уменьшить штрафы.
Теперь о сроках.
Как таковых сроков, после которых "можно успокоится и ничего не предоставлять и не уплачивать", вообще-то не существует. Отталкиваясь от того факта, что проверять правильность и полноту исчисления налогов инспекции имеют право не более, чем за три предшествующих года, можно попытаться настаивать на том, что и требовать декларацию можно только в этом периоде. Но вопрос спорный.
В налоговом законодательстве существует только один чётко установленный срок - трехлетний период, в течение которого можно привлекать в налоговой ответственности.
Этот срок отсчитывается от даты, которая установлена для исполнения обязанности. В Вашем случае таких дат две:
1) срок представления декларации - 30.04.2013. Именно в этот срок Вы должны были подать декларацию за 2012 год.
Нарушение этого срока предполагает штраф по статье 119 Налогового кодекса (он не менее 1000 руб. , независимо от суммы налога к уплате) .
Применить к Вам этот штраф налоговая имеет право до 01.05.2016 - после этой даты Вас уже нельзя будет оштрафовать за непредставление декларации.
2) второе нарушение - неуплата налога (может быть, тут надо смотреть, какие положены вычеты) . Это штраф по статье 122 НК - 20 % от неуплаченной суммы.
По это статье срок давности начинает исчисляться со дня окончания налогового периода, за который совершено нарушение. В Вашем случае налоговый период - 2012 календарный год, закончившийся 31.12.2012. Следовательно, срок привлечения к ответственности начался 01.01.2013 и закончится 01.01.2016 - после этой даты Вас уже нельзя оштрафовать за неуплату налога.

налоговая иногда запаздывает
риэлтор вас обманул
а виноваты все равно вы
декларацию нужно было подавать до 1 апреля 2013 года

3 года исчисляется с того момента, когда вы были должны направить в налоговую декларацию. Налоговую и риэлтора обвинить не получится, заполнение декларации Ваша непосредственная обязанность.