Я собственник сделал девушке постоянную регистрацию в своей квартире 4 года назад. Уже как два года она тут не живёт.

"лишь регистрация" - это невозможность выписать в нужный момент, к примеру (и прежде всего) - перед продажей квартиры. Плюс дополнительные расходы, особенно если ХВС/ГВС не по счетчикам. Ну и в случае чего могут нагрянуть приставы по месту прописки должницы - это менее вероятно, но довольно неприятно.
Учитывая хромоногость нашей судебной системы и невозможность определить нынешнее место проживания "девушки", следует обратиться с заявлением в суд о её снятии с регистрационного учёта. Так как процесс заведомо заочный, то имеет все шансы стать крайне затяжным, а значит, что и тянуть с этим заявлением не стоит. В русском алфавите 33 буквы, из которых с добавлением 10-ти арабских цифр составляется исковое заявление и начинается хождение по процессам. После вынесения решения её печать в паспорте будет недействительна. В ряде жизненных ситуаций необходима справка из паспортного стола, которую она потом уже не сможет взять, как и зарегистрироваться по новому месту жительства, если вдруг захочет. При замене паспорта в данной ситуации ей тупо переставят печать в новый паспорт, так что - снимать её с учёта - надо.
А на будущее, Евгений Мать-Терезович, для "девушек" и прочих дружелюбных организмов есть "регистрация по месту пребывания", которая в народе зовётся "времянка", и делается легко на любой срок. К примеру - на год. Потом она сама собой теряет силу, если не сходить и не продлить.

...ну хоть пару лет по*рахался?

возьми да выпиши

Снимайте с регистрации. И искать её будут у вас, хоть коллекторы, хоть кто.

Выпишите фрау и не нужно оттягивать, потому что это плохая примета, к всяким проблемам.

Тебе за квартиру из-за неё дороже платить каждый месяц.
Иди в Домоуправление к главному и скажи «так и так - не живет. Как выписать?»
Добрая ты душа. Хороший человек.

Вы платите за неё коммуналку.
Квартира, надеюсь, только на вас оформлена?
Ещё может быть такой вариант. Она рожает ребенка, и его пропишут тоже у вас. Коммуналку на него тоже придётся платить.
Захотите продать, и тут возникнут проблемы.

Ну так убери ее с прописки