java альтернатива php? а javaScript и flash альренатива html? или нет?

HTML - язык разметки страниц.
JavaScript и ActionScript - языки клиентских сценариев. Здесь скажу, что в принципе можно обойтись без ActionScript. Противопоставлять их не стану, но сам обхожусь без ActionScript
Java и PHP вообще противопоставлять нельзя. PHP - серверный язык, Java же имеет много сторон, Java намного мощнее и PHP по сравнению с ним вообще не язык программирования.

Можно сказать что в любом случае нужна связка HTML + javaScript (ActionScript) + PHP. Не зная это все ничего толкового не сделаешь.

Если же решишь учить Java, то про PHP вообще забудь, он тебе и не нужен будет.

java, php, javascript как серверные языки можно назвать альтернативами друг другу, javascript и flash на клиенте так же. html вообще несколько из другой оперы.

Я бы не стал их противопоставлять. У Java в вебе превалирует немного в другом сигменте рынка - тяжелый энтерпрайз, хайлоад. (там где нужна надёжность и производительность, пусть и в ущерб скорости разработки) . Что касается html то тут всё плохо, и альтернатив (я вижу её в виде haml-подобного языка разметки) мы не скоро увидим, по причине тотального засилия этого html и вероятной обратной несовместимости.

Ни в коем случае, это единый организм, безболезненно можно отрезать от него только Java

php язык серверный, все остальное клиентские языки
каждый нужен для своей цели
ничто не является альтернативой другому

нет, html - это совершенно другое.
но java и php - часто о них вместе говорят, но альтернативой никак не назову!