После 2-х недель пробежек начали болеть ноги.

Нужно:
Снизить объёмы тренировок
Стараться, коли так, бегать по грунту, в том числе.
Посмотреть обувь, не каждые кроссовки для бега подходят для бега по асфальту.

сойдите с асфальта!

Купите в аптеке очень хорошие мази: Апизортрон (она на пчелином яде) и Випросал (она на змеином яде) . Втирайте тщательно, почаще среди дня и подольше эти мази в болевую область. И так же на ночь обязательно.
Поможет.

Бегать по асфальту не рекомендуют вообще, а врачи просто против!
Так что может быть проблема именно в этом

Поймал такие же боли через 9 тренировок (за 10 дней) 3-4 км бега по велодорожке. Сразу тоже подумал - асфальт, кроссовки. Но всё гораздо проще. Нетренированный сустав неспособен обеспечить эластичность при перегрузке (было 5 тренировок подряд, без отдыха). Начинающим не рекомендую заниматься без пауз более 2-х дней подряд.
День отдыха посвятите упражнениям для укрепления стопы и связок.

Если вы до этого не занимались спортом или занимались, но очень редко, то это нормальное явление! Я когда начинал бегать у меня после первой недели очень ужасно сильно болели ноги, после недели или 2 недель они прошли. А то, что кто то говорит это из-за асфальта, это всё бед. Бегаю уже 3 месяц и ничего!

Ну возможно перегрузки нужно отдохнут денька 2 дальше начинай по малому