Как научится бегать хорошо 3 км, подтягиваться и бегать 100 м

Терпение и труд всё перетрут.
Просто нужно бегать и подтягиваться. Всё же просто (если конечно у тебя нет проблем с весом и сердцем) Будешь больше эти заниматься именно нужные мышцы и окрепнут и лёгкие попривыкнут. Тяжело 3 км бегать? Бугай по 2 и замеряй время, каждую пятницу контрольную тренировку делай на результат. Подтягиваться тоже всё просто подтянись 1 раз, 30 сек отдыза 2 раза, еще 30сек отдыха 3 раза и так до максимума, а потом обратно 5 отдых 4 отдых 3 отдых 2 отдых 1 отдых.
100 метров у тебя будут тренироваться параллельно с 3 км ноги окрепнут, лишний вес уйдет, лёгкие прокачаются. Тловище держи прямо и работай ногами и руками.
После тренировки можешь поотжиматься 3 подхода по максимуму и в результате ты почти на все мышцы тренировку сделашь

Судя по написанному твоя цель выносливость, общая и мышечная

Подойдёт такое расписание

Понедельник
1)подтягивания прямым хватом 4 подхода до отказа

Среда
1)подтягивания широким хватом 5 подходов до отказа

Пятница
1)подтягивания обратным хватом 4 подхода до отказа
2)подтягивания парарелльным хватом 4 подхода до отказа

Все остальные дни недели бег, воскресенье выходной. Как бегать?

Пробуй интервальный бег, 500 метров ты бежишь средним темпом, 300 ускоренным и так зациклить такой способ бега пока станет уже невозможно бежать из-за усталости. Начни с 15 минут

Бег 100 метров - трудно натренировать. Старайтесь пробегать стометровку 2-3 раза в неделю, когда Вы свежий и отдохнувший. Результат улучшится, но не кардинально.
Подтягивания можно за год довести до 30 раз за подход.
Для этого 2 раза в неделю подтягивайтесь 30 раз за неограниченное количество подходов. Через месяц переходите на 40. Затем через месяц - 50 и т. д.
А бег на длинные дистанции. Старайтесь пробегать 30-40 км в неделю, тогда через 2-3 месяца заметите результаты. Периодически тестируйте свой прогресс - дайте себе полных 2-3 дня отдыха и затем постарайтесь установить новый рекорд в одной из ваших дисциплин. Естественно, чтобы легче было всё это осуществить хотя бы иногда Вам очень понадобится партнёр. И не забывайте о полноценном отдыхе. Не форсируйте слишком - результаты придут, нужно просто быть последовательным и настойчивым.
Успехов!