Как подавать документы на Шенген, если не все дни будут подтверждены бронью в отеле

Лучше забронировать отель и отменить потом бронь.

А вообще зависит от времени прилета и отправления самолета. Если прилетаете, допустим, в два-три ночи, то не обязательно на эту ночь бронь.
Также если рейс обратно посреди ночи.

И предварительно изучите время работы аэропорта, некоторые аэропорты в Европе закрывают на ночь и всех выгоняют)

Обычно отель бронируют не на ночь, а на сутки. Указывать время вселения и выезда не требуется. Если ночь - это пересадка с одного рейса на другой, то и отель не нужен. В случае каких-то непонятных моментов, конечно, лучше составить и приложить к документам маршрутный лист: вписываете все пункты, которые планируете посетить с указанием отелей и прочих мест ночлега (про аэропорт пишите - пересадка, никто не запрещает сидеть там в ожидании следующего рейса хоть сутки). Чем более тщательно вы соберёте весь нужный пакет документов, тем меньше шансов получить отказ в визе.

Зачем создавать сложности приемщице в консульстве, чем проще тур, тем лучше, не морочьте голову приемщице документов в консульстве. Заявляйте предельно простой тур, допустим неделя в Париже, или в Риме и т. д.

И бронь соответственно сделайте. Отменять ничего не нужно если бронь не предоплачена, или не блокируются при этом средства на карте. Проверять потом все равно никто не будет в какой Вы тур поедете, просто не надо создавать сложности и себе и визовому работнику.