Отремонтировал арендованный склад засчет арендной платы

конечно, ненормально: ) не думаю, что ваш крысовод до суда дойдет. Сейчас распишу.
По договору аренды арендодатель обязуется предоставить арендатору имущество за плату во временное владение и пользование или во временное пользование (ст. 606, п. 1 ст. 607 ГК РФ) .
Арендодатель обязан предоставить арендатору имущество в состоянии, соответствующем условиям договора аренды и назначению имущества (п. 1 ст. 611 ГК РФ) .
Обязательства должны исполняться надлежащим образом в соответствии с условиями обязательства и требованиями закона, иных правовых актов, а при отсутствии таких условий и требований - в соответствии с обычаями делового оборота или иными обычно предъявляемыми требованиями (ст. 309 ГК РФ) .
Арендодатель отвечает за недостатки сданного в аренду имущества, полностью или частично препятствующие пользованию им – это установлено пунктом 1 статьи 612 ГК РФ, который также предусматривает право арендатора при обнаружении таких недостатков непосредственно удержать сумму понесенных им расходов на устранение данных недостатков из арендной платы, предварительно уведомив об этом арендодателя.
Арендодатель, извещенный о требованиях арендатора или о его намерении устранить недостатки имущества за счет арендодателя, может без промедления произвести замену предоставленного арендатору имущества другим аналогичным имуществом, находящимся в надлежащем состоянии, либо безвозмездно устранить недостатки имущества.
В пункте 1 статьи 612 ГК РФ ничего не говорится о необходимости арендатора испрашивать согласия арендодателя на удержание суммы понесенных им расходов на устранение недостатков из арендной платы.
Поскольку арендодатель
•не произвел замену предоставленного арендатору имущества другим аналогичным имуществом, находящимся в надлежащем состоянии;
•не устранил в безвозмездном порядке недостатки имущества.
Напрашивается вывод о том, что арендатор вправе удержать сумму понесенных им расходов на устранение данных недостатков из арендной платы, предварительно уведомив об этом арендодателя.

если вы изначально уже подписали договор и со всеми согласились то арендодатель не виноват. нужно было ремонт обговаривать серьёзней и ответственней. если вам не подходило помещение без ремонта то вы могли найти другое. арендодателя всё устраивало на момент подписания договора и Вас тоже.

У меня была похожая ситуация, но до суда мы не дошли, долго решали но все же решили, свои расходы я удерживал с аренды частями

Нормально.. . когда все оговорено в Договоре. В нынешних наших жизненных условиях очень важно "запихнуть" как можно больше всяких условий в Договор.
Если в редакции Договора этого нет, хозяин прав "слово к делу не пришьешь". Попробуйте на паритетных началах договорится, в суде ничего не докажите. Желаю удачи!

На словах такие дела не делаются, прежде чем подписать договор надо было все проверить и внести изменения в договор или сделать доп. соглашение, а сейчас мне Вас очень жаль, т. к. если он такой "порядочный" и подаст на вас в суд то Вы проиграете на все 100 % и придется вам все таки заплатить да еще будете пошлину оплачивать, И если он подаст за моральный ущерб то влетите по полной программе.