Как устроить генерального директора на работу в ООО основанное 2 учредителями?

Много шума из ничего.

Статья 40. ФЗ Об обществах с огр. отв. :
1. Единоличный исполнительный орган общества (генеральный директор, президент и другие) избирается общим собранием участников общества на срок, определенный уставом общества, если уставом общества решение этих вопросов не отнесено к компетенции совета директоров (наблюдательного совета) общества. Единоличный исполнительный орган общества может быть избран также не из числа его участников.
Договор между обществом и лицом, осуществляющим функции единоличного исполнительного органа общества, подписывается от имени общества лицом, председательствовавшим на общем собрании участников общества, на котором избрано лицо, осуществляющее функции единоличного исполнительного органа общества, или участником общества, уполномоченным решением общего собрания участников общества.. .

Договор с Геной заключает второй учредитель!

Вообще проблемы не вижу.
Учредители собираются и меняют положения устава, им мешающие. И делают все, как лучше для них. Нет препятствий.

Есть большой подводный риф. Если учредители в равных долях, то и голоса в равных. Как решения принимать будете? Только единогласно? Один дело говорит (гендиректор, например) , а тот кто практического дела не имеет может возразить из-за своей некомпетентности. В результате смелое решение по бизнесу не пройдет.
Нужен минимум третий, например эксперт. Бизнесмен из другого предприятия, или грамотный чиновник, или бизнес-консультант, короче, не конкурент, но специалист в бизнесе с 5-10%. Желательно свой человек. У вас по 45%
Решение принимается большинством голосов. В таком случае, правильное решение поддержит эксперт, а рискованное -встанет на сторону "нет"
Это совет такой от бизнес-тренера.

Договор с геной нужно подписать двум учредителям, даже если один из них является самим директором. Масло масленное, но таковы наши законы. Даже если бы у вас был один учредитель, он же ген. дир. То учредитель подписал бы сам себе договор, примите как должное ))