Подскажите что делать

при постановке на постоянную регистрацию, вас автоматический снимают с учёта (на основание вашегоже заявления о регистрации в другом городе, по крайней мере по России. (прописки сейчас не существует, сейчас называется регистрация (регистрация даёт право пользоваться жилым помещением.
можете утчонить в Вашем паспортном столе как Вам лучше поступить.
Моё мнение Если вы гражданин (ка) России, то можете послать Заказным письмом пакет документов копию паспорта+заявления прошу снять меня с учёта в связи с постоянной регистрации по новому адресу и не только, советую проконсультироваться в паспортном столе или в территориальном подразделение в УФМС, консультацию можно получить в том числе через скайп
ПРИКАЗ от 20 сентября 2007 г. N 208 ОБ УТВЕРЖДЕНИИ АДМИНИСТРАТИВНОГО РЕГЛАМЕНТА ПРЕДОСТАВЛЕНИЯ ФЕДЕРАЛЬНОЙ МИГРАЦИОННОЙ СЛУЖБОЙ ГОСУДАРСТВЕННОЙ УСЛУГИ ПО РЕГИСТРАЦИОННОМУ УЧЕТУ ГРАЖДАН РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ ПО МЕСТУ ПРЕБЫВАНИЯ И ПО МЕСТУ ЖИТЕЛЬСТВА В ПРЕДЕ
http://ufms.msk.ru/docs/regl_reg_rf.doc -регламент
Постановление от 17 июля 1995 г. N 713
Об утверждении правил регистрации и снятия граждан Российской Федерации с регистрационного учета по месту пребывания и по месту жительства в пределах Российской Федерации и перечня должностных лиц, ответственных за регистрацию"
http://ufms.msk.ru/docs/registr_rf_713.doc

ничего не будет. Скажете, что двойная регистрация вам разрешена в соответствии с персональным секретным Указом Президента России

Как раз наоборот. В городе Б Вы прописаны законно, на основании собственного заявления о выдаче паспорта.
А в городе "А", после постановке на рег. учет в городе "Б" Вы утратили право пользования и жилым помещением и прописку, но для этого нужно будет решение суда.