Подскажите что делать

Не создавайте проблемы которой и нет.
У Вас сейчас иная фамилия, паспорт, прописка.
Живите и "...не будите лихо, пока оно тихо... "

Сказки, что вы не знали о двойной регистрации, потому что коммунальные платежи в квартире приходят на всех зарегистрированных. Теперь пишите личное заявление с объяснением всей ситуации (по-вашему) , прикладывайте копии (паспорт, свидетельство о рождении) и подлинники (форму №9 со второго места проживания) и - в паспортный стол о месту выписки

<<Сказки, что вы не знали о двойной регистрации, потому что коммунальные платежи в квартире приходят на всех зарегистрированных. Теперь пишите личное заявление с объяснением всей ситуации (по-вашему) , прикладывайте копии (паспорт, свидетельство о рождении) и подлинники (форму №9 со второго места проживания) и - в паспортный стол о месту выписки>>
Еще заявление в прокуратуру о том что вы не платили за коммунальные услуги столько лет, и конечно заявление президенту о выходе из гражданства РФ в пользу Республики Того.: )
На самом деле при регистрации Вас по МЖ Вашим отцом в паспортный стол наверняка была предоставлена информация о прежнем МЖ. Нынешняя ФМС должна была отправить запрос о спятил Вас с регистрационного учета по месту прежнего проживания. Это их обязанность. Поэтому идете в ФМС и требуете чтоб они это сделали. Как вариант-возьмите в ЖЕКе справку с места жительства и отправьте матери. Можно сделать и то, и другое. А можно еще написать заявление о том, что не возражаете против приватизации.