Почему на моем фотоаппарате стало меньше памяти для фотографий, при том что я все фотографии удалила? (Nikon D90)

... или вообще RAW+JPEG...

Местом хранения файлов снимков является карта памяти типа SD или SDHC. Другого места хранения нет.
Соедини аппарат с помощью шнура USB с компом, открой Мой компьютер, включи питание аппарата и поставь аппарат в режим Просмотр (Воспроизведение) - нажми кнопку (20). Комп опознает карту памяти аппарата, как съемный диск. Нажми правую кнопку мыши, выбери в контекстном меню команду Свойства и посмотри, сколько памяти занято и сколько свободно.
Открой карту памяти и посмотри, что на ней есть. Если ты ВСЁ удалила с карты памяти, ничего на ней быть НЕ ДОЛЖНО.
Приблизительное количество снимков на картах памяти различной ёмкости найдёшь на стр. 262 Руководства. Оно зависит от ёмкости карты памяти, качества и размера изображения (см. таблицу).

Ну конечно на твоем фотике памяти меньше стало. У него ж теперь все мозги засраны :)))

на примерное количество кадров, отображаемых на дисплее, влияют:
разрешение
сжатие
формат

и ещё:
Read This Fucking Manual!!!

На фотоаппарате они не сохраняются. Посмотрите внимательно настройки, возможно раньше снималось на среднем качестве, а поставили высшее или вообще RAW.

1. Если точно все удалили, и на карте ничего быть недолжно - отформатируйте кару в фотоаппарате.
2. проверьте настройки качества изображения (формат, качество джипег, если выбран он, размер изображения, параметры резкости).

Попробуй отформатировать флешку.

может вирус на флешке....:)