Подскажите, выплачивают ли 13% налога ежегодно, если квартира куплена по ипотеке?

При наличии официальных доходов и уплате в бюджет подоходного налога (при условии, что таким правом человек пользуется впервые) - да, выплачивают.
Воспользоваться при ипотеке можно двумя вычетами (вместе или по отдельности):
- имущественным вычетом на приобретение квартиры - в размере основного тела кредита, но не более 2-х миллионов;
- имущественным вычетом с ипотечных процентов - в размере выплаченных процентов, но не более 3-х миллионов.

Вы о чем?

возвращают с % по ипотеке ежегодно

Без разницы, ипотека или нет -возвращают. В расчет берутся и уплаченные проценты по ипотеке...

Максимальная выплата 260 тыс. руб., путем расчета в 13% от вашей з/п

возврат 13% от квартиры, можно получить:
1) ежегодно подавать декларацию
путем отчисления налога за год от вашей з/п
2) после оплаты ипотеки, сразу всю сумму, но не позже 3 лет, с момента получения зеленки
3) можно через бухгалтерию, подать документы, и у вас не будут высчитывать налог с каждой з/п
после оплаты ипотеки на квартиру можно вернуть 13% от кредитной ипотеки, идете в банк и берете справку о выплаченной суммы и также подаете декларацию.
с 1 января 2015 года до 2 млн, если квартира стоит меньше, тогда оставшуюся сумму возвращаете со следующей покупки квартиры. Например, квартира стоит 1,5 млн (2 - 1,5 = 0,5), оставщуюся 500т. р. возвращаете со следующей покупки.
Вобщем 260 т. р. + 13% от выплаченной суммы по кредитной ипотеке
Не важно как куплена квартира в ипотеку или за наличные

Совершенно не обязательно ждать выплаты ипотеки. На следующий год после получения свидетельства можно подать на возврат п/х налога. И затем подавать каждый год вместе с возвратом 13% с процентов банку. "Возврат подоходного налога при покупке квартиры. "
http://ikitaeva.ru/vozvrat-podoxodnogo-naloga-pri-pokupke-kvartiry/

Там есть и список необходимых документов.