Какой порядок продажи квартир в новостройке в 2016 году? Как не переплатить по налогам?

Лучше всего подождать лет 5 перед продажей. Также всётаки стоит посчитать сколько вы должны будете заплатить если всётаки решите продавать, если покупали через риэлтеров и в кредит, то переплату по кредиту и услуги риэлтеров также можно учесть в расходах на приобретение. Если квартира покупалась без отделки и вы делали ремонт, то эти расходы зачастую полностью или частично также можно учесть.
Как законопослушный гражданин я конечно не буду советовать указывать цену в 1млн и остальное брать чёрным налом как посоветовал предыдущий комментатор. Хотя справедливости ради надо отметить что на мой взгялд вы немного не правы когда говорите что это не работает с 2016 года. Это не работает если вы ПРИОБРЕЛИ (а не продаёте) после 2016 года, а вы приобрети в 2015. В ФЗ от 24.11.2014 №382-ФЗ ясно сказано что положения соответствующих статей налогового кодекса применяются только для имущества приобретённого после 1 января 2016:
"Положения пункта 6 статьи 210, пункта 17.1 статьи 217, статьи 217.1 и подпункта 1 пункта 2 статьи 220 части второй Налогового кодекса Российской Федерации (в редакции настоящего Федерального закона) применяются в отношении объектов недвижимого имущества, приобретенных в собственность после 1 января 2016 года."
http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_171490/ad890e68b83c920baeae9bb9fdc9b94feb1af0ad/#dst100221

ждать три года

поставьте в договоре сумму продажи по ДДУ
или кадастровую

Договорится с покупателем и указать в договоре цену поменьше, а разницу получить черным налом

Указывайте в договоре купли-продажи ту стоимость за которую покупали, на разницу дополнительную расписку

Вы должны в договоре купли продажи указать цену продажи равную цене покупки по ДДУ. На разницу пишите расписку.