Откудаберет своеначало церковное учение о душе , как о нематериальной бессмертной субстанции?

Нематериальная субстанция - это Дух, а Душа тонкоматериальная субстанция )))
в церковных учениях всё запутано.

Из Библии.
Если оно Вас интересует, рекомендую прочесть книгу "Точное изложение православной веры" преп. Иоанна Дамаскина.

Все религии и учения из единого источника - от Сынов Света.
Сыны света, пришли с других, более развитых сфер и это знание принесли с собой.
Оно едино для всего мироздания.
Это знание также имеется в Учении Христа.
Но церковники, не имеюжие прямой связи с Отцом, в угоду собственным амбициям и политическим заказам исказили истинные доктрины и истинной сути их не представляют.

См. притчу о богаче и Лазаре
Случай с Самуилом и Саулом (1Царств, 28):

14 Какой он видом? - спросил у нее [Саул] . Она сказала: выходит из земли муж престарелый, одетый в длинную одежду. Тогда узнал Саул, что это Самуил, и пал лицем на землю и поклонился.
15 И сказал Самуил Саулу: для чего ты тревожишь меня, чтобы я вышел? И отвечал Саул: тяжело мне очень; Филистимляне воюют против меня, а Бог отступил от меня и более не отвечает мне ни чрез пророков, ни во сне; потому я вызвал тебя, чтобы ты научил меня, что мне делать.

Как вы видите - Самуил умер, но его можно вызвать, он может говорить и знает что ответить Саулу. То есть с притчей Господа параллель проводится свободно - там тоже умершие разговаривают, знают что ответить и вообще много чего знают, раз говорят про Моисея и пророков.

. Авраам и Лазарь были в аду, но не мучались в отличие от богача.

Смерть это противоположность жизни, а не ее продолжение.
Умирает тело. Но человек - это не только тело:
"Сам же Бог мира да освятит вас во всей полноте, и ваш дух и душа и тело во всей целости да сохранится без порока в пришествие Господа нашего Иисуса Христа. "

"то мы благодушествуем и желаем лучше выйти из тела и водвориться у Господа. " (2е Кор. 5:8)

. В Индии. Духовное Знание древняя Раджа-Йога.

христианство многое взяло из античности, ну а античность питалась соками других, более древних и соседских культур - выбор был большой.

От невозможности объяснить природу вещей.

Из Библии.
Бытие 35:18 "И когда выходила из нее душа, ибо она умирала, то нарекла ему имя: Бенони. "
Матф. 10:28 "И не бойтесь убивающих тело, души же не могущих убить; а бойтесь более
Того, Кто может и душу и тело погубить в геенне".
2Кор. 12:2 "Знаю человека во Христе, который назад тому четырнадцать лет, -в теле ли - не
знаю, вне ли тела - не знаю: Бог знает, восхищен был до третьего неба".
Откр. 6:9,10 " И когда Он снял пятую печать, я увидел под жертвенником души убиенных за слово Божие и за свидетельство, которое они имели. 10 И возопили они громким голосом, говоря: доколе, Владыка Святый и Истинный, не судишь и не мстишь живущим на земле за кровь нашу? "

Учение о природе души, открыто отцам и учителям Церкви, которые указывают на простоту и невещественность души, в противоположность сложности и материальной грубости тела, на ее безвинность и полное отсутствие формы и вообще на то, что она не подлежит всем тем измерениям (пространства, веса и пр.) , каким подлежит тело.
Вера в бессмертие души нераздельна с религией вообще и тем более составляет один из основных предметов веры христианской.
В Новом Завете бессмертие души является предметом более совершенного откровения, составляя одну из основных частей собственно христианской веры, одушевляющую христианина, наполняющую его душу радостной надеждой жизни вечной в царствии Сына Божия.