Почему фраза, что "в начале было слово", появилась через 1000 лет после начала написания Библии?

Понимаете... .
Со временем запросы людей растут. А церковники под них подстраиваются. Под взгляды, под достижения науки и так далее. Чтобы хоть как-то пытаться соответствовать времени - а то ить все прихожане разбегутся.
Вот и приходится крутиться))))

Если считать, что Библию (39 + 27 книг) написали примерно 40 пророков и примерно за 1600 лет, то выходит (по Вашему) Иоанн написал 600 г. до Р. Х. ?

раньше было нельзя, чудик

"И сказал Бог... " Кн. Бытие гл1.
В Евангелии от Иоанна используется греческое понятие "Логос", которое заимствовано из философии Платона, именно Логос стал Плотью, т. е. Иисус.

Книга Иоанна была написана примерно в 98 году нашей эры. Бытие-в 1513 до нашей эры. Значит через все 1611 лет. И, кстати, есть в Евангелиях еще одна мысль: "могу сказать вам более, но вы не можете того вместить".Почему там нет о интегральном исчислении, комплексных числах, ядерной физике? Пастух и землепашец не имели нужды в таких знаниях. Еккл. 3:7"...время молчать и время говорить... "
Христианам же открывалась небесная надежда. Роль Слова, Ангела Лица Божьего, Логоса им была необходима для понимания значения прихода Сына на землю, кем он был на небе до того, кем стал после воскресения.

Библия была написана 5000 лет назад. Вместе с ней и фраза.

Потому что Иоанн рассматривал историю Бога от вечности в прошлом до воплощения Бога.
Другие авторы не рассматривали этот вопрос, но зато затронули другое.