Есть ли разница между зарегистрированной церковью и сектой? Если есть то в чем?

Судят не по регистрации. А по делам и учению

В бумажке с печатью.

Нет никакой разницы, сектой называются организации отходящие от догматических норм священных писаний, а строящие своё учение на своих идеологиях и не обязательно именно религиозных. Регистрацию может получить и так называемая секта, если действует в рамках закона. От этого смысл и тактика учения не меняется.

Секта это там где людей убивают. Самые опасные секты это католическая и православная церковь. Столько людей сколько они, не убила ни одна террористическая организация

Православная Церковь имеет бесспорное отличие от лжецерквей в 3-х моментах:
1) Только Она началась в I-ом веке. Все секты возникли позже.
2) Только Она была основана Христом и не имеет других основателей. Все остальные церкви были основаны каким-то человеком.
3) Только Православие ни от кого не отделялось. Все течения так или иначе отделились от Него.
Так, лютеранство пошло от Лютера с 1617 г. ; англиканство - от короля Генриха с 1539 г. ; баптизм - от Шторха и Фомы Мюнцера с 1521 г. ; адвентизм - от Мюллера с 1831 г. ; толстовщина - от Льва Толстого с 1881 г. ; католичество - от епископа римского с 1054 г. ; филаретовство или же "Киевский патриархат" - от Филарета с 1991 г. и т. д. Различных псевдохристианских течений и организаций сейчас в мире насчитывается более чем 20 000, несмотря на то, что Писание строго предупреждает о грехе разделения и грозит большими наказаниями.
Ап. Иуда пишет: "...в последнее время появятся наглые ругатели.. . это люди отделяющие себя (от единства веры) , душевные, не имеющие духа" (18-19 ст) . Рим. 16:17: "Умоляю вас, братия, остерегайтесь производящих разделения и соблазны вопреки учению, которому вы научились, и уклоняйтесь от них". Писание говорит очень гневно о разделениях, и в истории Церковь очень серьезно относилась к разделениям и ересям. Христос пророчествовал: "Тогда, если кто скажет вам: вот, здесь Христос, или там - не верьте... " (Мф. 24:23).

В конфессиональности. Секта неконфессиональна, она не исповедует веру апостольскую.

Хотя регистрация в минюсте России религиозной общины - сущий дебилизм, однако на основании Римлянам 13 глава: "1 Всякая душа да будет покорна высшим властям, ибо нет власти не от Бога; существующие же власти от Бога установлены". Мы исполняем законы государственной власти. незарегистрированные немного "не догоняют" суть этого. а слово "секта" произошло от слова сектор, часть круга. православному другу Белобородову я бы сказал словами Апостола Павла: "кто думает что стоит, берегись чтобы не упал" Сектантский дух заключается именно в обособленности и исключительности одной определенной группе единомышленников от основной массы рода человеческого. РПЦ, на мой взгляд и является многочисленной тоталитарной, при том, сектой. "Не следуй за большинством на зло, и не решай тяжбы, отступая по большинству от правды" Исход 23 глава.

секта - это (в отличии от религии) малочисленная группа верующих

Как трудно Вам молодым отвечать. Вы такие малообразованные. Вы хоть в Википедию загляните, а еще есть Закон о рилигиозной деятельности и рилигиозных образованиях. Только не обижайтесь